In der älteren Literatur werden in der Regel zwei Unterarten unterschieden:

• ssp. phoenicea
• ssp. turbinata (Guss.) Arcang.

Die Unterschiede in der DNS, der unterschiedliche Zeitpunkt der Pollenverbreitung, die Differenzen in der Morphologie und der chemischen Inhaltsstoffe (Prodelphinidin) sprechen dafür, Juniperus turbinata als eigene Art einzustufen. - Adams (2013)

• Juniperus phoenicea
  Phönizischer Wacholder
• Juniperus turbinata
  Muschel-Wacholder